Converter CEL para ASE

Entendendo os formatos de arquivo CEL e ASE

CEL files são principalmente associados a dados de microarray Affymetrix, contendo valores brutos de intensidade de experimentos de expressão gênica. Esses arquivos são amplamente utilizados em bioinformática e pesquisa genômica para armazenar e analisar resultados de microarrays.

ASE files, por outro lado, são arquivos Adobe Swatch Exchange. Eles são utilizados para armazenar amostras de cores e paletas, permitindo que usuários compartilhem esquemas de cores entre aplicações Adobe, como Photoshop, Illustrator e InDesign.

Você pode converter CEL para ASE?

Conversão direta de CEL (dados de microarray) para ASE (amostra de cores) não é padrão, pois esses formatos servem a propósitos completamente diferentes. No entanto, se seu objetivo é visualizar dados de microarray como paletas de cores (por exemplo, mapeando níveis de expressão gênica para cores), você pode usar ferramentas de visualização de dados para criar representações em cores e então exportar esses como arquivos ASE.

Como converter CEL para ASE

1. Extrair dados do CEL: Use softwares de bioinformática como Affymetrix Expression Console ou pacotes R/Bioconductor (como affy ou oligo) para ler e processar arquivos CEL.
2. Mapear dados para cores: Utilize uma ferramenta de visualização de dados (por exemplo, R com funções ggplot2 ou heatmap) para atribuir cores aos valores de expressão.
3. Criar uma paleta de cores: Exporte a paleta de cores como uma imagem ou uma lista de códigos de cores (HEX, RGB).
4. Converter para ASE: Utilize um editor de paletas como Adobe Color ou SwatchBooker para importar seus códigos de cores e exportá-los como arquivo ASE.

Softwares recomendados para conversão de CEL para ASE

• R/Bioconductor – Para leitura e processamento de arquivos CEL e geração de paletas de cores.
• SwatchBooker – Ferramenta gratuita para criar e converter paletas de cores para o formato ASE.
• Adobe Color – Ferramenta online para criar e exportar paletas de cores como arquivos ASE.

Exemplo passo a passo usando R e SwatchBooker

1. Leia seu arquivo CEL em R usando o pacote affy.
2. Gere um conjunto de cores com base nos valores de expressão (por exemplo, usando colorRampPalette).
3. Exporte os códigos de cores (valores HEX) para um arquivo de texto.
4. Abra o SwatchBooker, importe os códigos de cores e exporte como um arquivo ASE.

Resumo

Embora não exista uma conversão direta, com um clique, de CEL para ASE, você pode visualizar dados de microarray como paletas de cores e exportar essas paletas como arquivos ASE usando uma combinação de ferramentas de bioinformática e edição de paletas. SwatchBooker e Adobe Color são recomendados para a exportação final da paleta.