Converter FASTA para AB1
Por que o FASTA não consegue recriar traces AB1 e como obter ou lidar com chromatograms genuínos.
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Como converter fasta para ab1 arquivo
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Uma aplicação de sequenciamento pode exigir um cromatograma .ab1 quando um arquivo FASTA está disponível, ou um laboratório pode precisar compartilhar a evidência original de Sanger em vez de apenas sua sequência de consenso. Esses arquivos não são equivalentes: FASTA contém letras, enquanto AB1 pode conter dados medidos do eletroferograma.
O que é o formato FASTA
FASTA é um formato de sequência em texto simples. Um registro tem um cabeçalho que começa com >, seguido por letras de nucleotídeos ou aminoácidos, geralmente distribuídas em várias linhas.
Pesquisadores, serviços de sequenciamento, navegadores de genomas, bancos de dados, programas de alinhamento, ferramentas de desenho de primers, montadores e utilitários de linha de comando usam FASTA para troca e análise de sequências. Em geral, FASTA não contém traços de eletroferograma, intensidades dos canais de corantes, posições dos picos, valores de qualidade por base, configurações do instrumento ou metadados da execução.
O que é o formato AB1
AB1, também chamado ABI ou ABIF, é um formato binário de cromatograma associado aos instrumentos de sequenciamento da Applied Biosystems e a softwares compatíveis de sequenciamento Sanger. Um arquivo AB1 pode conter os traços dos quatro canais de corantes, as bases chamadas, pontuações de qualidade, localizações dos picos, informações da amostra e parâmetros da execução; os registros exatos dependem do instrumento e do software que o criaram.
Visualizadores e editores de cromatogramas, como FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene e Geneious Prime, podem abrir muitos arquivos AB1. Eles podem exibir a separação dos picos e chamadas ambíguas, permitir a edição da sequência e exportar um consenso como FASTA. Preserve o AB1 original, pois um FASTA exportado não mantém o traço medido.
Por que a conversão direta não funciona
Não existe conversão sem perdas de FASTA para AB1. Uma sequência FASTA não contém o sinal experimental necessário para reconstruir um cromatograma genuíno. O software pode gravar um arquivo binário ou simular picos em alguns fluxos de trabalho especializados, mas um arquivo sintético não é uma evidência de uma execução de sequenciamento e deve ser identificado como simulado.
Como lidar com a conversão
- Verifique primeiro o software receptor. Use File → Open ou File → Import e selecione o arquivo FASTA se o texto da sequência for suficiente. Muitos programas de análise aceitam FASTA diretamente e não exigem AB1.
- Solicite o cromatograma de origem. Se o FASTA veio de um sequenciamento Sanger, peça ao serviço de sequenciamento os arquivos
.ab1correspondentes, de preferência juntamente com os identificadores das amostras e a sequência de consenso. Os arquivos AB1 gerados pelo serviço contêm o traço original e as informações de chamada de bases. - Inspecione e edite o AB1 genuíno. Abra-o no FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene ou Geneious Prime. Verifique as extremidades de baixa qualidade, os picos mistos, as bolhas de corante e as posições ambíguas antes de exportar um consenso editado para FASTA.
- Use ferramentas FASTA apenas para operações de sequência. Biopython, EMBOSS e SeqKit podem analisar, validar, reformatar ou converter texto de sequência. Por exemplo,
seqkit seq input.fasta > output.fastaregrava um arquivo FASTA; ele não cria dados de traço AB1. - Combine um substituto caso o traço de origem não esteja disponível. Envie o arquivo FASTA ou peça ao destinatário que aceite um cromatograma simulado. Não apresente um AB1 simulado como um resultado de sequenciamento medido.
Opções online e para desktop
Nenhum conversor online geral confiável pode transformar um FASTA que contém apenas uma sequência em um cromatograma ABI autêntico, pois o sinal ausente não pode ser recuperado. Validadores ou reformatadores online de FASTA, incluindo serviços baseados em EMBOSS ou Galaxy, podem limpar e inspecionar o texto da sequência, mas não podem atender a uma exigência de dados AB1 medidos.
Para sequências confidenciais, não publicadas ou relacionadas a pacientes, use software local em vez de enviar arquivos para um site de conversão não verificado. Um editor de cromatogramas para desktop é apropriado quando existe um AB1 original; ele não pode recriá-lo a partir de um FASTA de consenso.
Limitações de compatibilidade
AB1 é um arquivo binário ABIF, não uma sequência de texto com uma extensão diferente. Renomear sequence.fasta para sequence.ab1 deixa o conteúdo inalterado e normalmente faz com que uma aplicação informe que o arquivo está corrompido ou não é compatível.
Alguns programas leem apenas determinados registros ABIF ou oferecem suporte à visualização, mas não à edição e à exportação. Mantenha o arquivo original inalterado, teste o arquivo resultante no software do destinatário e forneça o FASTA separadamente para aplicações que precisem apenas da sequência chamada.
Comparação de formato: FASTA vs AB1
Como os formatos FASTA e AB1 se comparam nas propriedades mais importantes para esta conversão.
| Propriedade | .FASTA FASTA | .AB1 AB1 electropherogram file |
|---|---|---|
| Padrão aberto | Sim | Não |
| Compressão | Sem compressão | — |
| Tamanho típico do arquivo | Pequeno | Pequeno |
| Abre num navegador web | Sim, nativamente | Não |
| Edição posterior | Fácil | Limitado |
| Suporte a metadados | Básico | Extenso |
| Legível em texto simples | Sim | Não |
| Mais usado para | Intercâmbio de dados | Intercâmbio de dados |
| Desenvolvedor | Unknown; originally associated with the FASTA/BLAST bioinformatics ecosystem | Applied Biosystems |
| Tipo MIME | text/plain | — |
As informações sobre extensões e tipos de arquivo são fornecidas por File-Extensions.org
Software sugerido para converter fasta para ab1
Perguntas frequentes
É possível converter um arquivo FASTA em um cromatograma AB1 genuíno?
Não, porque FASTA contém letras da sequência, mas não dados de sinal do eletroferograma. Um arquivo AB1 exige o traço original do sequenciamento Sanger, incluindo os picos medidos e as informações de qualidade; portanto, a conversão só pode criar um traço de preenchimento ou simulado, em vez de recuperar o experimento real.
Minha sequência FASTA manterá os valores de qualidade ao ser convertida para AB1?
Não, FASTA normalmente não contém os valores de qualidade por base, as alturas dos picos ou os dados de incerteza armazenados em um traço AB1. Quaisquer valores de qualidade adicionados pela conversão seriam inferidos ou inventados, não medições da corrida de sequenciamento.
Por que minha conversão de FASTA para AB1 tem picos planos ou artificiais?
O arquivo FASTA não possui sinais brutos de fluorescência a partir dos quais picos reais possam ser reconstruídos. O software que aceita a conversão pode gerar sinais uniformes ou simulados, e o resultado não deve ser tratado como evidência de um cromatograma real.
Como obter o arquivo AB1 real de uma sequência FASTA?
Você precisa dos arquivos de traço originais da corrida de sequenciamento Sanger ou do provedor de sequenciamento, porque eles contêm informações que não podem ser derivadas das letras do FASTA. Se esses arquivos não estiverem disponíveis, o FASTA pode ser usado como sequência de referência, mas não pode ser convertido novamente no cromatograma genuíno.