Converter NBIB para BIBTEX

Editores LaTeX, projetos do Overleaf e alguns fluxos de trabalho de submissão de artigos exigem um banco de dados BibTeX em vez do arquivo .nbib baixado do PubMed. A conversão dos registros cria um arquivo .bib editável para citações, mantendo os metadados de publicação disponíveis.

O que é o formato NBIB

NBIB é o formato de citação marcado do PubMed, baseado na estrutura de registros MEDLINE. O PubMed o cria por meio de Save → Citation manager; os arquivos normalmente usam a extensão .nbib e contêm tags para PMID, autores, título, periódico, data de publicação, volume, número, páginas, DOI e outros dados do registro.

Os gerenciadores de referências usam o NBIB principalmente para importar resultados do PubMed. Ele é texto simples, mas suas tags de campos e sua estrutura de registros não podem ser usadas diretamente como um banco de dados BibTeX.

O que é o formato BibTeX

O BibTeX armazena referências como entradas, por exemplo @article{key, ...}, em um arquivo de texto simples .bib. LaTeX, Overleaf, JabRef e muitos gerenciadores de referências usam essas entradas para gerar citações e bibliografias.

Os tipos de entrada comuns incluem @article, @book e @inproceedings. Cada entrada tem uma chave de citação usada por comandos como \cite{key}. Um arquivo BibTeX é portável e editável, mas o resultado convertido depende dos metadados presentes nos registros NBIB.

Converter com Zotero

1. Instale o Zotero pelo site oficial do Zotero e abra-o.
2. Escolha File → Import, selecione a opção para importar um arquivo e abra o arquivo .nbib. Se o Zotero solicitar um formato, selecione o importador PubMed ou MEDLINE.
3. Revise os itens importados, incluindo nomes dos autores, títulos, datas, intervalos de páginas, títulos dos periódicos e valores de DOI.
4. Selecione os itens ou a coleção e escolha File → Export Library ou clique com o botão direito na seleção e escolha Export Items.
5. Selecione BibTeX, defina um nome de arquivo que termine em .bib e salve a exportação.

O Zotero é adequado para conversões ocasionais porque permite corrigir os registros antes da exportação. A extensão Better BibTeX for Zotero adiciona a geração configurável de chaves de citação e é útil para bibliotecas que serão exportadas repetidamente; ela é uma extensão de terceiros, não parte da instalação principal do Zotero.

Converter com Bibutils

O Bibutils é apropriado para processamento repetível pela linha de comando ou em lote. Seu utilitário med2xml lê registros marcados no estilo MEDLINE, e xml2bib converte o XML MODS intermediário para BibTeX.

Execute:

med2xml input.nbib > intermediate.xml
xml2bib intermediate.xml > output.bib

Esses comandos funcionam em shells do macOS e Linux e no Windows PowerShell quando o Bibutils está instalado e seus executáveis estão no caminho do sistema. Caso contrário, forneça os caminhos completos dos executáveis. Abra output.bib no JabRef, Zotero ou em um editor de texto e verifique os registros antes de citá-los.

Usar um serviço online

O conversor online de PMID para BibTeX do Paperpile é útil quando os registros são identificados por IDs do PubMed, e não quando um arquivo NBIB local precisa ser convertido em lote. Copie os PMIDs dos registros NBIB para o conversor, gere as entradas BibTeX e salve o resultado como .bib. Verifique os metadados retornados, pois o serviço recupera registros atuais e pode produzir campos diferentes dos presentes no download NBIB original.

Os serviços online devem ser limitados a referências não confidenciais. Suas políticas de upload, retenção e mapeamento de campos variam; use o Zotero ou o Bibutils para registros não publicados, restritos ou sensíveis à privacidade.

Verificar o banco de dados convertido

• Dados ausentes: Os registros NBIB podem omitir resumos, intervalos completos de páginas, informações sobre o número, identificadores ORCID ou valores de DOI. A conversão não pode reconstruir campos ausentes na fonte.
• Nomes dos autores: O PubMed geralmente fornece iniciais em vez dos nomes completos. Verifique sufixos, partículas e autores institucionais, que podem ser interpretados incorretamente pelos importadores.
• Chaves de citação: Procure chaves duplicadas, especialmente entre artigos com o mesmo primeiro autor e ano de publicação. Gere novamente ou edite as chaves antes de compilar o documento.
• Capitalização: Proteja nomes cuja capitalização seja sensível, siglas, símbolos de genes e fórmulas químicas com chaves, por exemplo title = {Effects of {DNA} repair}.
• Caracteres especiais: Compile um documento de teste após a exportação. Caracteres acentuados, e comerciais, sinais de porcentagem, sublinhados e outros caracteres sensíveis ao LaTeX podem exigir escape ou uma configuração UTF-8 apropriada.
• Tipos de entrada: Os tipos de publicação do PubMed nem sempre correspondem perfeitamente aos tipos do BibTeX. Inspecione revisões, editoriais, cartas, diretrizes e materiais de conferências em vez de presumir que todo registro deve ser @article.