Conversor online gratuito de NBIB para BIB

O PubMed exporta referências selecionadas como .nbib, enquanto LaTeX, Overleaf e muitos gerenciadores de referências usam bancos de dados BibTeX .bib. A conversão torna os registros editáveis e utilizáveis com fluxos de trabalho de citações do BibTeX ou biblatex.

O que é o formato NBIB

NBIB é o formato de citação marcado do PubMed, também chamado de formato de texto MEDLINE ou PubMed. É um formato de registro em texto simples com campos identificados, como PMID-, TI -, AU -, JT -, DP -, VI -, IP -, PG - e LID - para identificadores como DOIs.

O PubMed cria um arquivo NBIB após a seleção dos registros e a escolha de Send to → Citation manager → Create file. Usuários do NCBI, bibliotecas e aplicativos como Zotero e EndNote usam o formato para trocar metadados bibliográficos. Um arquivo NBIB pode ser aberto como texto simples, mas suas linhas marcadas não são diretamente válidas no BibTeX.

O que é o formato BIB

Um arquivo .bib geralmente é um banco de dados BibTeX ou BibLaTeX contendo entradas como @article{smith2024, ...}. BibTeX, BibLaTeX com Biber, JabRef, Zotero, Overleaf e muitos editores de LaTeX podem lê-lo.

O BibTeX armazena campos estruturados, incluindo autores, título, periódico, ano, volume, páginas, DOI, URL, resumo e uma chave de citação. O formato de texto simples é pesquisável, editável, portátil e separado do documento que o cita. A conversão pode preservar metadados, mas não pode adicionar um artigo em texto completo ou um anexo ausente.

Converter com Zotero

1. Instale o Zotero para Windows, macOS ou Linux no site oficial do Zotero.
2. Abra File → Import, selecione o arquivo NBIB e escolha a opção de importação MEDLINE ou PubMed caso o Zotero solicite um formato. Use All files no seletor de arquivos se .nbib estiver oculto.
3. Verifique os registros importados, especialmente nomes de autores, títulos, datas de publicação, intervalos de páginas, PMIDs e DOIs.
4. Selecione os itens ou a coleção necessários e escolha File → Export Library ou clique com o botão direito na seleção e escolha Export Items.
5. Escolha BibTeX ou BibLaTeX, selecione as opções de notas ou arquivos exigidas pelo fluxo de trabalho e salve a exportação com uma extensão .bib.

O Zotero geralmente é o método local mais simples porque analisa os campos marcados do PubMed antes de exportá-los. Para obter metadados ausentes, use Add Item by Identifier do Zotero com o PMID ou DOI e compare o registro substituto com a fonte do PubMed antes de exportar. A extensão Better BibTeX adiciona chaves de citação configuráveis e repetíveis e exportação automática, mas é opcional.

Usar Bibutils para conversão em lote

O Bibutils é adequado para conversões locais automatizadas ou em grande escala. Suas etapas de MEDLINE para XML e de XML para BibTeX podem ser usadas como um pipeline:

med2xml references.nbib | xml2bib > references.bib

Instale o Bibutils por meio do gerenciador de pacotes do sistema operacional ou de sua distribuição oficial. Verifique med2xml --help caso a versão instalada exija argumentos explícitos de entrada e saída. O Bibutils pode mapear menos campos específicos do PubMed do que o Zotero; portanto, inspecione as entradas geradas antes de usá-las.

Opções online para conjuntos pequenos e não confidenciais

Para uma pequena lista de referências, o ZoteroBib ou a ferramenta web PMID-to-BibTeX do Paperpile podem consultar PMIDs e produzir BibTeX sem exigir um aplicativo local. Em geral, esses serviços aceitam PMIDs ou identificadores em vez de converter um arquivo NBIB enviado; cole os identificadores, exporte o BibTeX e verifique os resultados. Não envie bibliografias privadas, não publicadas ou confidenciais quando uma conversão local for aceitável.

Verificar os registros exportados

• Alguns registros NBIB omitem DOI, número, página, resumo ou campos completos de data de publicação. Uma consulta por DOI ou PMID pode preencher as lacunas, mas os metadados recuperados ainda precisam ser comparados com o registro de origem.
• A formatação de autores do PubMed pode gerar autores pessoais ou corporativos incorretos após a conversão. Coloque um autor corporativo entre chaves adicionais, por exemplo author = {{World Health Organization}}, e verifique o sobrenome, as iniciais e a ordem dos autores.
• Proteja a capitalização que deve permanecer inalterada, como símbolos de genes, siglas e nomes próprios, com chaves do BibTeX: title = {Effects of {DNA} repair}.
• Caracteres Unicode, travessões, subtítulos, nomes acentuados e scripts não latinos podem exigir suporte a UTF-8 no mecanismo LaTeX, no processador bibliográfico e no editor. Use pdflatex com as configurações de codificação apropriadas ou um mecanismo Unicode, como XeLaTeX ou LuaLaTeX.
• Exportadores diferentes geram chaves de citação diferentes. Alterar uma chave depois de inserir citações pode quebrar as referências em arquivos LaTeX existentes; use chaves estáveis antes de escrever as citações.
• Preserve o PMID ou DOI na entrada exportada sempre que possível. Esses identificadores oferecem uma maneira confiável de localizar e corrigir um registro posteriormente.