Conversor online gratuito de ND2 para OME.TIFF

Os arquivos ND2 de sistemas de microscopia Nikon geralmente são difíceis de abrir fora do NIS-Elements, enquanto OME-TIFF é compatível com Fiji, ImageJ, napari, OMERO e outras ferramentas de imageamento científico. A conversão para OME-TIFF é útil para análise multiplataforma, compartilhamento de dados e arquivamento de longo prazo, preservando os metadados de microscopia multidimensionais.

O que é o formato ND2

ND2 é o contêiner proprietário da Nikon para imagens produzidas por câmeras e microscópios Nikon, geralmente por meio do NIS-Elements. Um único arquivo pode conter vários campos de visão, canais, pilhas Z, pontos temporais, configurações do detector, posições da platina e metadados de aquisição. Os arquivos ND2 são comuns em laboratórios que utilizam sistemas de imageamento Nikon e podem conter uma série de imagens ou várias séries independentes.

Como ND2 é proprietário, o suporte depende do leitor instalado. O NIS-Elements oferece o acesso mais completo aos metadados específicos da Nikon, enquanto a biblioteca Bio-Formats oferece amplo suporte de leitura no Fiji, ImageJ e em ferramentas de linha de comando.

O que é o formato OME.TIFF

OME-TIFF é um formato de imagem científica baseado em TIFF que armazena dados de pixels juntamente com metadados OME-XML que descrevem dimensões como X, Y, canal, Z e tempo. Ele é compatível com Bio-Formats e muitos aplicativos de microscopia, incluindo Fiji, ImageJ, napari, QuPath, OMERO e bibliotecas Python que utilizam Bio-Formats ou tifffile.

OME-TIFF é preferível quando o software precisa interpretar um conjunto de dados como uma imagem multidimensional, e não como páginas TIFF independentes. Ele também fornece um modelo de metadados documentado e elimina a dependência de software específico da Nikon. Grandes conjuntos de dados podem exigir BigTIFF, que permite arquivos maiores que o limite de tamanho do TIFF clássico; use-o quando o conversor oferecer essa opção ou quando a saída exceder aproximadamente 4 GB.

Como converter de fato ND2 para OME.TIFF

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o importador e o exportador Bio-Formats. Atualize-o por meio de Help → Update Fiji para que o leitor ND2 esteja atualizado.
2. Abra o arquivo por meio de File → Import → Bio-Formats e selecione o arquivo .nd2.
3. Na caixa de diálogo Bio-Formats Import Options, ative View stack with: Hyperstack quando o arquivo contiver dimensões Z, de canal ou de tempo. Ative Split into series somente se cada série ND2 precisar se tornar um conjunto de dados de saída separado.
4. Verifique a ordem de tamanho exibida e os valores das dimensões. Para uma imagem grande, use uma pilha virtual apenas para inspeção; a exportação ainda precisará acessar os dados originais.
5. Selecione Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, escolha OME-TIFF como formato de saída, se oferecido, e salve com um nome de arquivo como sample.ome.tiff.
6. Reabra o arquivo exportado no Fiji com Bio-Formats e confirme as dimensões de canal, Z e tempo, o tipo de pixel, o número de séries e os metadados exibidos em Image → Show Info.

Para conversões em lote repetíveis, instale as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats e execute:

bfconvert -overwrite input.nd2 output.ome.tiff

Use um padrão de saída específico para séries quando o ND2 contiver várias séries, por exemplo:

bfconvert -overwrite input.nd2 output_%s.ome.tiff

Execute bfconvert -help para consultar as opções fornecidas pela versão instalada do Bio-Formats. Teste um arquivo antes de processar um lote, pois a nomenclatura das séries e o comportamento da saída de vários arquivos podem variar conforme a versão do leitor e a estrutura da entrada.

Usando o conversor online

Você pode converter o arquivo gratuitamente em 101convert.com, sem instalar software: carregue o arquivo ND2, escolha OME.TIFF como formato de destino, inicie a conversão e baixe o arquivo resultante. Use a conversão no desktop para dados de microscopia confidenciais ou conjuntos de dados que contenham informações de aquisição que não devam ser carregados.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• Escolha uma saída sem perdas. OME-TIFF normalmente preserva os valores dos pixels quando a fonte é exportada sem escalonamento, compressão que altere os dados ou conversão para uma profundidade de bits menor.
• Não exporte uma captura de tela RGB quando a fonte contiver canais científicos. Preserve os planos de canal originais e a profundidade de bits, como dados de 8 bits, 12 bits armazenados em 16 bits ou 16 bits.
• Os metadados ND2 não são mapeados perfeitamente para OME-XML. Configurações de aquisição específicas da Nikon, anotações proprietárias, detalhes de iluminação ou informações de hardware podem ser omitados ou representados de maneira diferente.
• Alguns arquivos ND2 contêm várias séries. Um conversor pode gravá-las em um único OME-TIFF ou criar arquivos separados. Confirme a quantidade de séries após a conversão, em vez de presumir que todos os campos de visão foram incluídos.
• OME-TIFF nem sempre é um único arquivo fisicamente simples: imagens piramidais, saída BigTIFF ou configurações de metadados externos podem afetar a compatibilidade. Fiji e Bio-Formats são ferramentas de validação adequadas quando outro aplicativo não consegue abrir o resultado.
• Mantenha o ND2 original como registro de origem. O arquivo convertido deve ser verificado quanto às dimensões, calibração, nomes dos canais, marcas temporais e posições da platina antes que o ND2 seja arquivado separadamente ou removido.