Conversor online gratuito de CZI para OME.TIFF

O que é o formato CZI

CZI é o contêiner de imagens Zeiss Carl Zeiss usado pelo ZEISS ZEN e por sistemas de microscopia relacionados. Ele pode armazenar aquisições multicanal, z-stack, time-lapse, com blocos, compostas e de alta profundidade de bits, juntamente com metadados de calibração, objetiva, canal e aquisição. Normalmente, você encontra esse formato após coletar dados em microscópios ZEISS ou receber conjuntos de dados de um laboratório que usa o ZEN.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF é uma imagem TIFF acompanhada de metadados OME-XML que descrevem dimensões como X, Y, Z, canais, pontos temporais e séries de imagens. Ele foi desenvolvido para oferecer interoperabilidade com Fiji, Bio-Formats, OMERO, napari, QuPath e outros softwares de geração de imagens científicas.

OME-TIFF é útil quando um aplicativo não consegue abrir CZI, quando os metadados precisam seguir uma especificação aberta ou quando um pipeline de análise espera uma entrada TIFF. Ele pode preservar dados multipágina e multidimensionais com mais confiabilidade do que a exportação de capturas de tela individuais, embora os metadados exatos preservados dependam do leitor e do gravador.

Como converter CZI para OME-TIFF

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o importador e o exportador do Bio-Formats.
2. Abra a fonte com File → Open e selecione o arquivo .czi.
3. Na caixa de diálogo Bio-Formats Import Options, mantenha a estrutura multidimensional original quando necessário. Ative View stack with ImageJ ou abra como um hyperstack; evite converter para um único plano de 8 bits se a profundidade de bits original for importante.
4. Use Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Selecione OME-TIFF como formato de saída, escolha a série necessária, defina uma compressão sem perdas, como LZW, se disponível, e salve com um nome como sample.ome.tiff.
6. Reabra o resultado no Fiji e verifique a quantidade de canais, as fatias Z, os pontos temporais, o tipo de pixel e os tamanhos físicos dos pixels antes de usá-lo para análise.

Usando a linha de comando do Bio-Formats

O utilitário de linha de comando do Bio-Formats bfconvert é adequado para conversões repetíveis e processamento em lote. Uma conversão básica é:

bfconvert input.czi output.ome.tiff

Para converter somente a primeira série de imagens e usar compressão LZW sem perdas, use:

bfconvert -series 0 -compression LZW input.czi output.ome.tiff

Coloque entre aspas os caminhos que contêm espaços. Para arquivos que contêm várias séries, inspecione cada série e converta as necessárias, em vez de presumir que a primeira série contém o experimento completo. As opções exatas da linha de comando dependem da versão instalada do Bio-Formats; execute bfconvert -help para visualizá-las.

Usando 101convert.com

Você também pode converter o arquivo gratuitamente em 101convert.com, sem instalar software. Essa opção é conveniente para um único arquivo, mas verifique as dimensões de saída, os metadados e o tamanho do arquivo após o download, especialmente no caso de grandes conjuntos de dados de microscopia ou arquivos que contenham dados de pesquisa confidenciais.

Qualidade, compatibilidade e limitações

Escolha uma compressão sem perdas, como LZW, ou uma saída sem compressão quando os valores dos pixels precisarem permanecer inalterados. A compressão JPEG pode alterar medições quantitativas e não deve ser usada para dados de microscopia analítica.

Um CZI pode conter detalhes proprietários da aquisição, posições do estágio, configurações do instrumento, anotações, miniaturas, anexos ou várias séries relacionadas. O OME-TIFF normalmente preserva os planos de imagem e os metadados OME padrão, mas pode não preservar todos os campos específicos da Zeiss. Mantenha o CZI original como arquivo mestre de arquivamento.

Grandes conjuntos de dados podem exceder os limites do TIFF clássico ou criar arquivos de saída muito grandes. Use uma versão do Bio-Formats compatível com BigTIFF quando a saída exceder 4 GB e confirme se o aplicativo de destino oferece suporte a BigTIFF e ao layout OME-TIFF selecionado. Não achate canais, fatias Z ou pontos temporais, a menos que o programa de destino exija uma imagem bidimensional.