Conversor online gratuito de CZI para PNG

Equipes de microscopia criam cópias PNG quando relatórios, softwares de apresentação, sistemas web ou colaboradores precisam de uma imagem padrão em vez de um contêiner de dados ZEISS. Um PNG geralmente é uma visualização 2D renderizada, portanto o CZI original deve permanecer disponível para análise e reprocessamento.

O que é o formato CZI

CZI é o formato proprietário de contêiner de microscopia usado pelo software ZEISS ZEN e pelos sistemas de aquisição de imagens ZEISS. Um arquivo .czi pode conter várias cenas, canais de fluorescência, fatias Z, pontos no tempo, varreduras de mosaicos, níveis de pirâmide, posições da platina, dados de calibração, configurações da objetiva e metadados de aquisição.

Arquivos CZI são comuns em microscopia confocal, escaneamento de lâminas, imageamento de tecidos, imageamento celular e experimentos de time-lapse. O ZEISS ZEN lê CZI diretamente, enquanto Fiji/ImageJ pode lê-lo por meio do importador Bio-Formats.

O que é o formato PNG

PNG é um formato de imagem raster compactado sem perdas, compatível com navegadores, softwares de escritório, sistemas operacionais e editores de imagem. Ele é adequado para um único plano, uma composição de canais renderizada, uma figura anotada ou uma imagem geral, pois evita artefatos de compressão JPEG.

PNG armazena pixels inteiros em tons de cinza, RGB ou RGBA, incluindo amostras de 8 bits e 16 bits na especificação do formato. Ele não pode armazenar a pilha de canais, a dimensão Z, a dimensão temporal, o layout de mosaicos, a calibração ou os metadados de aquisição de um CZI como um conjunto de dados de microscopia equivalente. PNG não oferece suporte a amostras de pixels de ponto flutuante.

Converter um arquivo CZI para PNG

Para uma exportação rápida, carregue o arquivo .czi no conversor em 101convert.com, escolha PNG e baixe o resultado. Isso é adequado para uma imagem 2D simples ou uma prévia, mas inspecione o resultado cuidadosamente: um CZI multidimensional pode exigir a escolha de uma cena, canal, plano Z, ponto no tempo ou composição renderizada que uma conversão automática não consegue determinar.

Não carregue dados de pacientes, resultados não publicados ou dados de microscopia restritos, a menos que a transferência externa seja permitida pela política institucional relevante.

Exportar com ZEISS ZEN

1. Abra o arquivo CZI no ZEISS ZEN.
2. Selecione a cena, o canal ou a composição de canais, o plano Z, o ponto no tempo e a região necessários.
3. Defina as cores dos canais e os intervalos de exibição somente ao exportar uma renderização para apresentação ou publicação.
4. Use o comando de exportação específico da versão, normalmente em File → Export ou em um menu de contexto da imagem, e selecione PNG.
5. Escolha o tamanho da saída e a profundidade de bits, quando disponíveis, e verifique o arquivo exportado em relação à visualização selecionada.

O ZEN é a opção mais segura para arquivos que contêm layouts de cenas específicos da ZEISS, varreduras de mosaicos ou configurações de exibição, pois interpreta a aquisição em seu ambiente nativo. Os nomes dos menus e os controles de exportação disponíveis variam conforme a versão do ZEN e o módulo licenciado.

Exportar com Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o Bio-Formats.
2. Abra Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, selecione o arquivo CZI e escolha a série necessária. Uma série geralmente representa uma cena, posição ou região de aquisição.
3. Selecione o canal, a fatia Z e o ponto no tempo necessários usando os controles de hiperpilha.
4. Para dados de canais separados, use Image → Color → Split Channels e exporte cada plano necessário. Para uma composição de exibição, configure os canais e use Image → Type → RGB Color antes de salvar.
5. Salve a imagem selecionada usando File → Save As → PNG, com nomes como sample_c1_z005_t012.png.

Um PNG normal representa uma imagem raster, não uma pilha Z ou uma série temporal. Exporte os planos como arquivos numerados ou use File → Export → Image Sequence quando forem necessários arquivos PNG separados para muitos planos.

O Bio-Formats também inclui bfconvert para fluxos de trabalho automatizados. Use bfconvert -help para consultar as opções de série, plano e padrão de nome de arquivo da versão instalada e teste um CZI representativo antes da conversão em lote.

Observações sobre qualidade e compatibilidade

A compactação PNG sem perdas não torna a exportação sem perdas. Recortes, redução da resolução, mistura de canais, renderização de cores, alterações de contraste e conversões de dados de origem de 16 bits ou de ponto flutuante podem remover ou alterar informações antes que a compactação PNG ocorra.

Uma composição de fluorescência exibida normalmente é uma renderização RGB de 8 bits. Seus valores de pixel refletem as LUTs selecionadas, o intervalo de exibição, a gama e a combinação de canais, e não os valores de intensidade originais. Para trabalhos quantitativos, mantenha o CZI e exporte os canais de origem individuais com a precisão disponível; confirme a profundidade de bits resultante com o software receptor, pois muitos visualizadores de uso geral exibem imagens de 8 bits de forma confiável בלבד.

PNG não retém o tamanho do voxel, a escala, os nomes dos canais, os carimbos de data e hora, os detalhes da objetiva, as coordenadas da platina ou o espaçamento Z. Adicione uma barra de escala somente a uma cópia para apresentação e registre a calibração e as configurações de exibição separadamente.

Varreduras de lâminas inteiras e mosaicos montados podem ser grandes demais para visualizadores PNG comuns ou exigir muita memória durante a exportação. Em vez disso, exporte uma região de interesse, uma visão geral com resolução reduzida ou blocos separados. Use OME-TIFF ou outro formato compatível com microscopia quando um arquivo de intercâmbio precisar preservar dados de imagem multidimensionais e metadados.