Conversor online gratuito de NDPI para PNG

Os arquivos NDPI são imagens de microscopia whole-slide, enquanto PNG é compatível com editores de imagem comuns, browsers e software de apresentação. A conversão é útil quando você precisa compartilhar uma imagem de lâmina, anotar uma região selecionada ou usar dados de microscopia em software que não consegue ler o formato da Hamamatsu.

O que é o formato NDPI

NDPI é o formato de patologia digital da Hamamatsu para lâminas de microscópio digitalizadas produzidas por sistemas NanoZoomer. Ele normalmente contém uma pirâmide de imagens muito grande e com várias resoluções, e também pode armazenar vários planos focais, imagens de etiquetas e metadados da lâmina.

Você normalmente encontra arquivos NDPI em laboratórios de patologia, pesquisas médicas, instalações universitárias de aquisição de imagens e datasets exportados de scanners Hamamatsu NanoZoomer. Como uma lâmina pode conter bilhões de pixels, um arquivo NDPI é muito maior e mais complexo do que uma fotografia comum. O suporte varia entre os aplicativos; QuPath, Fiji com Bio-Formats e software baseado em OpenSlide conseguem ler muitos arquivos NDPI.

O que é o formato PNG

PNG é um formato de imagem raster sem perdas compatível com browsers, editores de imagem, software de escritório e a maioria dos sistemas operacionais. Ele preserva os valores exatos dos pixels durante a codificação e oferece suporte à transparência, mas não preserva a pirâmide de imagens, os dados de planos focais, as anotações ou os metadados do scanner do NDPI de uma forma geralmente utilizável.

PNG é adequado para figuras, screenshots, regiões de tecido anotadas, relatórios e exibição na web. Ele normalmente não é adequado como substituto do arquivo original para arquivamento, pois uma exportação whole-slide em resolução total pode ser extremamente grande.

Como converter NDPI para PNG na prática

Usando 101convert.com

1. Abra o conversor de NDPI para PNG em 101convert.com; o serviço pode ser usado gratuitamente, sem instalar software.
2. Faça upload do arquivo .ndpi e selecione PNG como formato de saída.
3. Inicie a conversão e faça download do arquivo .png resultante quando o processamento for concluído.

Para lâminas muito grandes, os limites de upload, o tempo de processamento e as dimensões da saída podem impedir uma conversão completa em resolução total. Exportar uma região selecionada com software de patologia para desktop costuma ser mais prático.

Usando QuPath

1. Instale o QuPath e abra o arquivo NDPI com File → Open. O QuPath usa o suporte do Bio-Formats ou do OpenSlide, dependendo do arquivo e da configuração.
2. Defina a visualização da imagem para a ampliação necessária. Para uma lâmina completa, use a função de exportação de imagens; para uma seção de tecido, defina primeiro uma região retangular ou uma anotação.
3. Escolha File → Export image ou o comando de exportação correspondente na sua versão do QuPath, selecione PNG e defina a resolução de saída ou o fator de downsampling.
4. Exporte a imagem. Se a área selecionada exceder os limites do PNG ou da memória, exporte vários tiles em vez de um único arquivo enorme.

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o importador Bio-Formats.
2. Abra o arquivo com File → Open ou use Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Escolha a série, o nível de resolução e a região necessários no importador. Evite abrir a lâmina inteira em resolução nativa, a menos que o computador tenha memória e armazenamento suficientes.
4. Salve a imagem exibida ou selecionada com File → Save As → PNG.

Qualidade, compatibilidade e limitações

A compressão PNG é sem perdas, mas a conversão não pode restaurar detalhes que tenham sido descartados pela seleção de um nível inferior da pirâmide ou pelo downsampling. Registre o tamanho dos pixels exportados, a ampliação e as coordenadas da região caso o PNG seja usado para medições ou publicação.

Um PNG de uma lâmina completa pode exceder os limites comuns de dimensões de imagem ou de memória. O QuPath ou o Fiji podem exportar uma visão geral com downsampling ou tiles separados de forma mais confiável do que uma única imagem em resolução nativa. Mantenha o arquivo NDPI original para uso diagnóstico, quantitativo ou de arquivamento, pois o PNG normalmente omite a pirâmide de imagens NDPI, os metadados do scanner, as camadas de foco e a estrutura específica de patologia.

Os arquivos NDPI podem conter informações do paciente ou da amostra nos metadados ou nos nomes dos arquivos. Remova as informações identificáveis antes de compartilhar imagens exportadas e verifique o PNG com zoom de 100% após a conversão para conferir o recorte, a orientação, as cores e a resolução selecionada.