Conversor online gratuito de NDPI para TIFF

Os arquivos NDPI são imagens de lâmina inteira produzidas pelos scanners Hamamatsu NanoZoomer, mas muitos editores de imagem, sistemas laboratoriais e fluxos de trabalho de arquivamento esperam TIFF. A conversão para TIFF facilita a abertura, o processamento e o compartilhamento da imagem, embora uma lâmina em resolução total possa exigir BigTIFF e um espaço de armazenamento considerável.

O que é o formato NDPI

NDPI é o formato proprietário de imagens de lâmina inteira da Hamamatsu. Os scanners NanoZoomer armazenam lâminas microscópicas como imagens muito grandes e com várias resoluções, acompanhadas de metadados, miniaturas e, às vezes, imagens de etiquetas. Você pode encontrar arquivos NDPI ao receber digitalizações de patologia digital ou exportar lâminas do Hamamatsu NDP.view2.

Internamente, o NDPI é semelhante ao TIFF, mas os softwares comuns para TIFF talvez não compreendam sua estrutura proprietária. OpenSlide, Fiji com Bio-Formats, QuPath e os softwares da Hamamatsu conseguem ler muitas variantes de NDPI. O suporte depende da geração do scanner, da compressão e do conteúdo do arquivo.

O que é o formato TIFF

TIFF é um formato de imagem raster amplamente compatível, usado em microscopia, digitalização, publicação, análise de imagens e fluxos de trabalho de arquivamento. Ele oferece suporte a compressão sem perdas, como LZW, Deflate e Zstandard, armazenamento em blocos, várias páginas, metadados e à extensão BigTIFF para arquivos maiores que 4 GB.

TIFF é útil quando o aplicativo de destino não consegue abrir NDPI ou quando uma imagem precisa ser processada em softwares como ImageJ, Photoshop ou um sistema de análise laboratorial. Uma exportação TIFF convencional geralmente corresponde a uma única resolução ou região selecionada, e não à estrutura completa de lâmina com várias resoluções contida no arquivo NDPI.

Como converter NDPI para TIFF de fato

Usando o 101convert online

Você pode converter o arquivo gratuitamente no site 101convert.com sem instalar software. Carregue o arquivo NDPI, selecione TIFF como formato de saída, inicie a conversão e baixe o resultado. Isso é adequado para arquivos aceitos pelo serviço; imagens de lâmina inteira muito grandes podem exceder os limites de carregamento, processamento ou saída, e lâminas com dados sensíveis de pacientes só devem ser carregadas quando os controles de privacidade necessários estiverem disponíveis.

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o ImageJ, e adicione ou atualize o plugin Bio-Formats por meio de Help → Update.
2. Abra o arquivo por meio de File → Open ou Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Na caixa de diálogo do importador, selecione a série com a resolução necessária e evite abrir o nível de resolução total se o computador não tiver RAM suficiente.
4. Salve a imagem aberta com File → Save As → TIFF.

O Fiji exporta o plano de imagem ou a resolução selecionada. Talvez ele não preserve a pirâmide NDPI, as anotações do scanner ou todos os metadados proprietários. Para obter uma exportação gerenciável, escolha uma série com resolução mais baixa ou exporte apenas a região necessária para a análise.

Usando OpenSlide e Python

O OpenSlide lê os níveis de resolução de uma lâmina NDPI. O exemplo a seguir exporta um nível de resolução completo como um TIFF RGB:

pip install openslide-python tifffile numpy

from openslide import OpenSlide
import numpy as np
import tifffile

slide = OpenSlide('sample.ndpi')
level = 2
width, height = slide.level_dimensions[level]
image = slide.read_region((0, 0), level, (width, height)).convert('RGB')
tifffile.imwrite('sample_level2.tif', np.asarray(image), photometric='rgb', compression='zlib')
slide.close()

Altere level para selecionar outro nível da pirâmide; o nível 0 é a resolução mais alta disponível. O nível selecionado é carregado na memória como um único array, portanto, exportar uma lâmina em resolução total pode esgotar a RAM. Para lâminas grandes, processe regiões retangulares em blocos ou exporte um nível mais baixo. Se a saída exceder 4 GB, use BigTIFF quando houver suporte no aplicativo de destino, por exemplo, adicionando bigtiff=True a tifffile.imwrite.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• A conversão não melhora a imagem de origem. Se o NDPI contiver dados do scanner comprimidos em JPEG, a exportação para TIFF não poderá restaurar os detalhes perdidos durante a digitalização.
• Uma exportação TIFF pode descartar a pirâmide de resoluções do NDPI, dados de foco, calibração do scanner, anotações, imagens macro e metadados proprietários. Mantenha o NDPI original como arquivo mestre de arquivamento.
• Use compressão TIFF sem perdas, como Deflate ou LZW, quando for necessária uma análise adicional. Evite a compressão JPEG em TIFF para medições ou edições repetidas.
• Arquivos TIFF de lâmina inteira podem ocupar dezenas ou centenas de gigabytes em resolução total. BigTIFF segmentado em blocos ou OME-TIFF geralmente é mais prático do que um único TIFF não segmentado, mas a compatibilidade varia entre os aplicativos.
• Confirme as dimensões em pixels, a calibração em micrômetros por pixel, o perfil de cores e a orientação após a conversão; esses valores podem não ser transferidos automaticamente.