Conversor online gratuito de VSI para TIFF

O que é o formato VSI

VSI é um formato proprietário de lâmina virtual usado pela Olympus, atualmente Evident, em scanners de microscopia como o VS-120. OlyVIA e softwares de imagem relacionados da Olympus criam e abrem arquivos VSI para microscopia de lâmina completa.

Um conjunto de dados VSI normalmente contém um arquivo .vsi principal, além de pastas ou arquivos associados que contêm tiles de imagem, múltiplas resoluções, canais, planos de foco e metadados do microscópio. A imagem geralmente é armazenada como uma pirâmide de múltiplas resoluções composta por tiles, em vez de um único bitmap comum. Você pode encontrar arquivos VSI em laboratórios de patologia, arquivos de pesquisa e conjuntos de dados exportados de scanners de lâminas Olympus.

O que é o formato TIFF

TIFF é um formato de imagem raster amplamente compatível, usado pelo ImageJ, Photoshop, softwares de imagem científica, aplicativos de editoração eletrônica e arquivos digitais. Ele oferece suporte a compressão sem perdas, altas profundidades de bits, múltiplos canais e imagens grandes; o BigTIFF é necessário quando a saída excede o limite de tamanho do TIFF clássico, de aproximadamente 4 GB.

O TIFF é apropriado quando você precisa de um campo de microscopia selecionado para análise, de uma imagem achatada para edição ou de uma cópia de arquivo amplamente compatível. Um TIFF normal não preserva automaticamente todos os recursos de uma lâmina virtual VSI, como sua pirâmide completa, anotações do scanner, metadados proprietários ou todas as séries de foco e canais.

Como converter efetivamente VSI para TIFF

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o importador Bio-Formats. Mantenha o arquivo .vsi original e todas as pastas fornecidas com ele no mesmo layout relativo.
2. Abra o arquivo com File → Open ou use Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer e selecione o arquivo .vsi.
3. Na caixa de diálogo de importação, selecione a série de imagens necessária. Uma lâmina pode disponibilizar várias séries para diferentes resoluções, canais ou planos de foco.
4. Escolha se deseja abrir a imagem em resolução total ou uma série de resolução inferior. Para lâminas muito grandes, use uma região de interesse ou uma série de resolução reduzida em vez de carregar a lâmina inteira na memória.
5. Salve a imagem selecionada com File → Save As → TIFF. Se a imagem for maior que 4 GB, ative o BigTIFF quando a versão disponível do Fiji/ImageJ oferecer essa opção ou exporte regiões menores.

Usando a linha de comando do Bio-Formats

O Bio-Formats inclui o bfconvert, que pode ler muitos conjuntos de dados VSI e gravar a saída em TIFF:

bfconvert input.vsi output.tif

Quando o VSI contém várias séries, inspecione primeiro o conjunto de dados com o Bio-Formats ou o Fiji e, em seguida, converta as séries necessárias separadamente. Use uma opção de saída BigTIFF compatível com a versão instalada do Bio-Formats quando a saída prevista exceder 4 GB. Preserve o conjunto de dados VSI original, pois a conversão pode achatar dimensões ou descartar metadados específicos do fabricante.

Usando o conversor online

Você pode converter o arquivo gratuitamente em 101convert.com sem instalar software. Faça upload do arquivo VSI, escolha TIFF como formato de saída, inicie a conversão e baixe o resultado. Se o VSI fizer referência a dados complementares, mantenha esses arquivos disponíveis e use o Bio-Formats no desktop caso o conversor do navegador não consiga reconstruir a lâmina completa.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• Escolha uma compressão TIFF sem perdas, como LZW ou Deflate, quando a preservação dos valores dos pixels for importante. A compressão JPEG pode introduzir artefatos e é inadequada para microscopia quantitativa.
• Verifique o tipo de pixel exportado. Um VSI em escala de cinza de 16 bits ou multicanal não deve ser convertido acidentalmente para 8 bits, pois isso reduz a precisão da intensidade.
• Confirme a escala física após a exportação. Os metadados do tamanho do pixel podem não sobreviver a um TIFF achatado; portanto, mantenha separadamente as informações originais de ampliação e micrômetros por pixel caso sejam necessárias medições.
• Um VSI multicanal ou com z-stack pode ser exportado como séries, páginas ou arquivos TIFF separados, dependendo das configurações selecionadas do Bio-Formats. Verifique se todos os canais e planos necessários estão presentes.
• TIFFs grandes de lâminas completas podem exceder os limites de aplicativos ou sistemas de arquivos. Exportar uma região definida, selecionar uma série de resolução inferior ou usar BigTIFF evita falhas causadas por limitações de memória ou pelo limite de tamanho do TIFF clássico.