Conversor online gratuito de VSI para PNG

O software de microscopia Olympus armazena imagens de lâminas inteiras em VSI, enquanto muitos editores de imagem, navegadores e sistemas de documentação aceitam PNG. A conversão do arquivo produz uma imagem raster portátil para compartilhamento, anotação, uso na web ou edição básica, mas pode representar apenas uma visualização de lâmina selecionada, em vez do conjunto de dados completo com várias resoluções.

O que é o formato VSI

VSI geralmente significa Virtual Slide Image, um formato proprietário de microscopia de lâminas inteiras criado por softwares da Olympus, como cellSens, e visualizado com OlyVIA. Ele armazena imagens de microscopia em várias resoluções, geralmente como dados divididos em blocos, juntamente com metadados de aquisição.

Um conjunto de dados VSI pode incluir arquivos .ets associados que contêm dados de imagem. Mantenha o arquivo .vsi e seus arquivos complementares na mesma pasta; abrir apenas o arquivo VSI pode produzir uma imagem incompleta ou um erro de série ausente. Se a extensão tiver vindo de um software diferente dos aplicativos de microscopia da Olympus, identifique primeiro essa origem, pois VSI não é um formato universal de finalidade única.

O que é o formato PNG

PNG é um formato raster sem perdas e amplamente compatível. Ele preserva os valores dos pixels sem a perda geracional associada ao JPEG e oferece suporte à transparência, sendo adequado para figuras, capturas de tela, anotações de lâminas, apresentações e páginas da web.

PNG não preserva a estrutura do conjunto de dados VSI, os metadados do microscópio, os níveis de foco ou a pirâmide de resolução. Um PNG convertido normalmente é um plano de imagem rasterizado ou um campo de visão selecionado.

Como converter VSI para PNG

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o importador Bio-Formats, e mantenha todos os arquivos pertencentes ao conjunto de dados VSI em uma única pasta.
2. Inicie o Fiji e escolha File → Open; em seguida, selecione o arquivo .vsi. Se o Fiji solicitar o uso do Bio-Formats, aceite.
3. Em Bio-Formats Import Options, selecione a série necessária. Para um arquivo de lâmina inteira, escolha o nível de resolução ou a região desejada em vez de carregar a lâmina na resolução máxima, caso a memória do computador seja limitada.
4. Para uma imagem completa ou uma área selecionada, use as ferramentas de recorte ou seleção de região do Fiji. Converta a exibição para RGB usando Image → Type → RGB Color quando a saída precisar ser um PNG colorido padrão.
5. Escolha File → Save As → PNG e salve o resultado com uma extensão .png.

A exportação para PNG pelo Fiji geralmente salva o plano de imagem ativo. Se a importação tiver aberto uma pilha, exporte a fatia necessária ou use um fluxo de trabalho de sequência de imagens para vários planos; não espere que um único arquivo PNG contenha a pilha VSI original.

Usando o software da Olympus

Abra o conjunto de dados no OlyVIA ou no cellSens, selecione a ampliação e a região necessárias e use o comando de exportação de imagem do aplicativo, normalmente encontrado em File → Export ou File → Save As. Escolha PNG e defina as dimensões ou a resolução da exportação antes de salvar. Os nomes dos menus variam entre as versões dos produtos Olympus.

Convertendo online

Você pode converter o arquivo gratuitamente no site 101convert.com sem instalar software. Envie o conjunto de dados VSI completo quando o conversor solicitar arquivos associados; um arquivo .vsi independente pode não conter todos os pixels da imagem. A conversão online não é adequada para dados confidenciais de pacientes ou pesquisas, a menos que os termos de tratamento de dados do site atendam aos seus requisitos.

Limitações de qualidade e compatibilidade

Escolha deliberadamente a resolução de saída. Exportar uma visão geral de baixa resolução cria um PNG pequeno, mas remove detalhes celulares finos; exportar uma lâmina inteira em resolução máxima pode criar uma imagem muito grande, excedendo os limites do PNG, do navegador ou do aplicativo.

PNG oferece suporte a dados em escala de cinza e RGB de 8 e 16 bits, mas visualizadores comuns podem exibir imagens de 16 bits incorretamente ou reduzi-las para 8 bits. Para figuras coloridas de uso geral, PNG RGB é a opção mais compatível. Preserve os arquivos VSI originais quando metadados, calibração, z-stacks, vários planos focais ou reprocessamento futuro forem importantes.