Conversor online gratuito de VSI para OME.TIFF

O que é o formato VSI

VSI é um formato proprietário de lâmina virtual usado pelos scanners Olympus da série VS e pelo software Olympus cellSens. Um dataset VSI pode conter imagens de microscopia em blocos, com múltiplas resoluções, vários canais, vários planos focais e metadados de aquisição. Geralmente, ele é encontrado com uma pasta complementar contendo dados de imagem; portanto, copie o dataset original inteiro antes da conversão. Mover somente o arquivo .vsi pode tornar a lâmina ilegível.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF é um formato de microscopia baseado em TIFF que armazena pixels juntamente com metadados OME-XML que descrevem dimensões, canais, planos, tamanhos físicos dos pixels e informações de aquisição relacionadas. Ele é compatível com Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari com os plugins adequados e muitas bibliotecas científicas de processamento de imagens.

OME-TIFF é preferível quando o software não consegue ler VSI, quando os datasets precisam ser intercambiados entre aplicações de microscopia ou quando os metadados precisam permanecer em uma estrutura documentada. Ele pode usar compressão sem perdas, como LZW, e pode ser gravado como BigTIFF quando o arquivo de saída exceder o limite de tamanho do TIFF clássico.

Como converter VSI para OME-TIFF

Usando Bio-Formats

Bio-Formats é a opção mais direta para desktop e linha de comando, pois inclui um leitor VSI e um gravador OME-TIFF.

1. Instale o Fiji, que inclui o Bio-Formats, ou baixe as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats.
2. Mantenha o arquivo .vsi e sua pasta de dados associada juntos.
3. Para realizar uma conversão pela linha de comando, execute:

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Use BigTIFF para um resultado muito grande:

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Se o VSI contiver várias séries de imagens, examine primeiro a lista de séries e converta as séries necessárias separadamente. Caso contrário, o Bio-Formats poderá gravar várias séries ou produzir nomes de saída baseados na série de origem. Um comando típico específico para uma série é:

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

As opções disponíveis exatas dependem da versão do Bio-Formats; execute bfconvert -help para verificá-las.

Usando Fiji

1. Abra o dataset por meio de Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Selecione o arquivo VSI e preserve as dimensões, os canais e as séries originais nas opções do importador.
3. Exporte a imagem aberta por meio de File → Save As → OME-TIFF ou use o exportador do Bio-Formats, quando disponível.
4. Selecione a compressão LZW para armazenamento sem perdas e escolha BigTIFF se a saída estimada for maior que 4 GB.

Para uma imagem de lâmina inteira, verifique se o exportador selecionado preserva uma pirâmide com múltiplas resoluções. Se ele exportar somente a resolução atualmente aberta, o resultado será um OME-TIFF válido, mas não uma lâmina piramidal equivalente.

Convertendo sem software instalado

Você pode converter o arquivo gratuitamente no site 101convert.com sem instalar software, desde que o serviço aceite o dataset VSI e seus arquivos associados. Envie o dataset completo quando o conversor solicitar arquivos complementares e confirme se o OME-TIFF resultante contém as séries e os metadados necessários.

Qualidade, compatibilidade e limitações

A compressão LZW não tem perdas, portanto preserva os valores dos pixels enquanto reduz o tamanho; a compressão JPEG pode introduzir artefatos e é inadequada quando as medições quantitativas dependem dos pixels originais. Uma conversão não pode restaurar informações ausentes no leitor ou exportador VSI, e algumas anotações específicas da Olympus, dados do estágio, detalhes da pirâmide ou metadados proprietários podem não ser mapeados para OME-XML.

Verifique a saída no Fiji ou no Bio-Formats comparando a largura, a altura, a quantidade de canais, a profundidade z, os pontos de tempo, o tipo de pixel e o tamanho físico do pixel com a origem. Teste também o arquivo na aplicação de destino: um OME-TIFF compatível com os padrões pode conter metadados válidos, mas não ter o layout piramidal ou as anotações específicas do fornecedor exigidas por um visualizador de lâminas inteiras específico.