Conversor online gratuito de IMS para OME.TIFF

Os softwares de microscopia e as plataformas de análise de imagens podem exigir OME-TIFF em vez do contêiner IMS nativo para interoperabilidade, arquivamento ou processamento posterior no Fiji e em outras ferramentas compatíveis com OME. A conversão preserva os planos de imagem e os metadados compatíveis, tornando o conjunto de dados mais fácil de compartilhar.

O que é o formato IMS

IMS é o formato nativo de conjunto de dados multidimensional de microscopia usado pelo Imaris da Bitplane, atualmente parte da Oxford Instruments. Geralmente, é um contêiner baseado em HDF5 para planos de imagem, canais, pilhas Z, pontos temporais, vários níveis de resolução e metadados de aquisição selecionados.

Os arquivos IMS são criados pelo Imaris e podem ser produzidos por fluxos de trabalho de aquisição ou análise de microscopia que envolvem sistemas de imagem confocal, light-sheet, fluorescência e outros sistemas de imagem 3D. Um arquivo IMS também pode conter objetos específicos do Imaris, como superfícies, spots, tracks e informações de cena ou renderização.

O que é o formato OME.TIFF

OME-TIFF é um formato de microscopia baseado em TIFF cujos metadados OME-XML descrevem dimensões como canal, Z, tempo, tamanho de pixel e unidades físicas. Fiji/ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO e muitos aplicativos científicos de análise de imagens podem lê-lo.

OME-TIFF é útil quando um conjunto de dados precisa ser transferido entre programas de microscopia sem depender do Imaris. Ele oferece suporte a dados multidimensionais, compressão sem perdas, como LZW, armazenamento em blocos e BigTIFF para arquivos maiores que o limite de tamanho do TIFF clássico.

Como converter IMS em OME.TIFF

Usando o Bio-Formats pela linha de comando

1. Instale as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats ou use a instalação do Bio-Formats incluída no Fiji.
2. Execute bfconvert -compression LZW input.ims output.ome.tiff. O LZW mantém os valores dos pixels inalterados enquanto reduz o tamanho do arquivo.
3. Para um conjunto de dados muito grande, use BigTIFF e armazenamento em blocos: bfconvert -bigtiff -tilex 512 -tiley 512 -compression LZW input.ims output.ome.tiff.
4. Se o IMS contiver várias séries de imagens, verifique primeiro as séries disponíveis e exporte a necessária com uma opção de série, como bfconvert -series 0 input.ims output.ome.tiff. Exporte séries adicionais separadamente quando um único arquivo de saída não puder representá-las corretamente.

Usando o Fiji

1. Abra o Fiji e escolha File → Open; em seguida, selecione o arquivo IMS. O Bio-Formats deverá abri-lo por meio do Bio-Formats Importer.
2. Verifique as configurações de série, canal, Z e ponto temporal no importador. Evite selecionar um único plano se a pilha completa for necessária.
3. Use Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, escolha OME-TIFF, selecione LZW ou outra opção sem perdas e salve o resultado com um nome de arquivo .ome.tiff.
4. Abra novamente o arquivo de saída com o Bio-Formats e verifique suas dimensões, ordem dos canais, tipo de pixel e escala física.

Usando o conversor online

Você pode converter o arquivo gratuitamente em 101convert.com sem instalar software. O envio não é adequado para dados de microscopia confidenciais ou regulamentados, a menos que os requisitos aplicáveis de privacidade e retenção permitam isso; para conjuntos de dados grandes, o Bio-Formats geralmente é mais prático.

Qualidade, compatibilidade e limitações

O Bio-Formats transfere pixels de imagem e metadados que possuem equivalentes em OME-TIFF, mas não reproduz layouts de cena do Imaris, configurações de renderização de volume, superfícies, spots, tracks, anotações ou outros objetos de análise como recursos nativos do OME-TIFF. Preserve o arquivo IMS original quando esses objetos puderem ser necessários posteriormente.

Use saída LZW ou não comprimida para imagens quantitativas. A compressão JPEG pode alterar os valores de intensidade e é inadequada para medições. Conjuntos de dados grandes de time-lapse ou 3D de alta resolução podem exigir BigTIFF, e alguns aplicativos não conseguem ler BigTIFF ou todos os layouts multidimensionais de OME-TIFF.

Verifique no arquivo convertido os nomes dos canais, a ordem dos canais, o espaçamento Z, o intervalo de tempo, as dimensões dos pixels, a profundidade de bits e as unidades físicas. Variantes proprietárias ou danificadas de IMS podem falhar em versões antigas do Bio-Formats; atualizar o Bio-Formats ou o Fiji pode resolver problemas de compatibilidade do leitor.