Conversor online gratuito de OIF para OME.TIFF

O que é o formato OIF

OIF, ou Olympus Image Format, é um formato proprietário usado pelo Olympus Fluoview e pelo software de microscopia cellSens relacionado, incluindo conjuntos de dados de sistemas de microscopia confocal, de fluorescência e de outros tipos. Ele pode conter dados de imagem multidimensionais, como canais, seções Z, pontos temporais e várias séries, juntamente com metadados de aquisição.

Um conjunto de dados OIF geralmente é mais do que um objeto do filesystem: o arquivo .oif pode depender de um diretório complementar, como sample.oif.files. Mantenha o arquivo principal e o diretório complementar juntos e selecione o arquivo .oif, em vez de um TIFF interno individual. OIB é um formato Olympus relacionado que reúne uma parte maior do conjunto de dados em um único arquivo.

O que é o formato OME.TIFF

OME-TIFF é um formato baseado em TIFF que armazena planos de imagem juntamente com metadados OME-XML que descrevem dimensões, canais, tamanhos físicos dos pixels, pontos temporais e informações de aquisição relacionadas. Ele é compatível com Fiji, ImageJ, napari, QuPath, Bio-Formats e muitas outras ferramentas de imageamento científico.

Use OME-TIFF quando o aplicativo de destino precisar de um formato documentado e interoperável, em vez de um armazenamento específico da Olympus. Ele preserva a organização multidimensional de forma mais confiável do que a exportação de imagens TIFF comuns separadas, embora as configurações proprietárias do microscópio e alguns metadados do fornecedor possam não ter equivalentes diretos em OME.

Como converter efetivamente OIF para OME.TIFF

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji com seus componentes atuais do Bio-Formats.
2. Copie o arquivo .oif e seu diretório complementar para uma pasta local com permissão de gravação.
3. Abra o arquivo por meio de File → Open, selecione o arquivo OIF e permita que o Bio-Formats leia o conjunto de dados.
4. Na caixa de diálogo Bio-Formats Importer, mantenha a série e as dimensões originais. Evite dividir os canais ou as seções Z, a menos que o programa receptor exija arquivos separados.
5. Exporte a imagem carregada por meio de Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, escolha OME-TIFF e salve com um nome como sample.ome.tiff.

Se o conjunto de dados contiver várias séries, exporte cada série separadamente quando o aplicativo de destino não puder lidar com várias séries em um único OME-TIFF. Verifique as opções do importer ou exporter antes de confirmar, pois selecionar apenas a série atual pode omitir outras posições de aquisição ou conjuntos de imagens.

Usando o Bio-Formats pela linha de comando

O Bio-Formats fornece o utilitário bfconvert para conversões repetíveis. Com as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats instaladas, execute:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.ome.tiff

LZW é uma compressão sem perdas. Para um conjunto de dados que exceda o limite de tamanho convencional do TIFF, solicite a saída BigTIFF quando houver suporte na versão instalada do Bio-Formats:

bfconvert -compression LZW -bigtiff sample.oif sample.ome.tiff

Use o caminho exato para o arquivo OIF, preserve seu diretório complementar e verifique a saída do comando para confirmar as séries e dimensões detectadas. As opções variam ligeiramente entre as versões do Bio-Formats; portanto, execute bfconvert -help se -bigtiff ou outra opção for rejeitada.

Usando o conversor online

Você pode converter o arquivo gratuitamente em 101convert.com sem instalar software. Como os conjuntos de dados OIF podem conter experimentos sensíveis e incluir arquivos complementares ou planos de imagem muito grandes, verifique se o serviço aceita o conjunto de dados completo e se o upload está de acordo com a política de dados do seu laboratório ou instituição.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• A compressão LZW sem perdas não altera os valores dos pixels; a compressão JPEG ou outra compressão com perdas pode introduzir artefatos e geralmente não é adequada para microscopia quantitativa.
• Verifique a largura, a altura, a profundidade de bits, a quantidade de canais, a quantidade de planos Z, os pontos temporais, o tamanho físico dos pixels e os nomes dos canais após a conversão. Abra o resultado no Fiji ou em outro leitor do Bio-Formats e compare-o com o original.
• Configurações destinadas apenas à exibição, como LUTs, intervalos de contraste, anotações, estado da GUI do microscópio e parâmetros proprietários de aquisição, podem ser omitidas ou representadas de forma diferente, mesmo quando os dados dos pixels são preservados.
• Arquivos OME-TIFF grandes podem exigir suporte a BigTIFF tanto no exporter quanto no aplicativo receptor. Alguns softwares também lidam melhor com um conjunto de arquivos OME-TIFF complementares do que com um único arquivo muito grande.
• Não exclua o conjunto de dados OIF original até que o arquivo convertido tenha sido verificado; OME-TIFF não pode garantir uma conversão de retorno completa para todos os recursos específicos da Olympus.