Conversor online gratuito de OIF para TIFF

Os softwares de microscopia e os sistemas de análise de imagens geralmente exigem TIFF em vez de Olympus OIF, especialmente ao importar imagens para ferramentas sem suporte nativo a OIF. TIFF também oferece um formato mais portátil para edição, publicação e armazenamento para arquivamento.

O que é o formato OIF

OIF, ou Olympus Image Format, é um formato proprietário de microscopia criado pelo Olympus FluoView e por sistemas de captura de imagens relacionados da Olympus. Ele pode armazenar dados de imagem multidimensionais, incluindo canais, pilhas Z, pontos no tempo, várias séries, configurações de aquisição e metadados do microscópio.

Um conjunto de dados OIF pode incluir o arquivo .oif principal e um diretório complementar, como sample.oif.files. Mantenha o arquivo e seu diretório complementar juntos; mover apenas o arquivo .oif pode tornar o conjunto de dados ilegível ou remover planos de imagem.

O que é o formato TIFF

TIFF é um formato raster amplamente compatível, usado por editores de imagens, softwares de publicação, sistemas de documentos e aplicativos de análise científica. Ele oferece suporte a imagens em escala de cinza, RGB e com alta profundidade de bits, além de poder usar compressão sem perdas LZW ou ZIP.

TIFF é adequado quando a compatibilidade é importante, mas um TIFF convencional pode não preservar todos os recursos do OIF. Para dados de microscopia multidimensionais, OME-TIFF geralmente é preferível porque armazena metadados padronizados para canais, fatias Z, pontos no tempo e séries de imagens.

Como converter OIF para TIFF

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o importador Bio-Formats.
2. Abra o conjunto de dados com File → Open, selecione o arquivo .oif e permita que o Bio-Formats carregue os arquivos complementares.
3. Na caixa de diálogo Bio-Formats Import Options, escolha a série necessária e defina View stack with como Hyperstack se o arquivo contiver dimensões Z, de canal ou de tempo.
4. Para um plano único ou uma pilha comum, use File → Save As → Tiff. Para um conjunto de dados multidimensional, use o exportador Bio-Formats ou salve como OME-TIFF quando disponível.
5. Escolha uma compressão sem perdas, como LZW ou ZIP. Não selecione compressão JPEG para imagens de microscopia quantitativa.

Usando Bio-Formats na linha de comando

O utilitário bfconvert do Bio-Formats pode ler OIF e gravar TIFF sem abrir uma interface gráfica:

bfconvert -compression LZW sample.oif sample.tif

Use um nome de saída OME-TIFF e as opções apropriadas do Bio-Formats quando a imagem contiver vários canais, planos focais, pontos no tempo ou séries. Verifique o arquivo gerado no Fiji ou em outro visualizador compatível com Bio-Formats.

Conversão online

101convert.com pode converter arquivos online gratuitamente, sem instalar software. Envie o conjunto de dados OIF completo quando o conversor aceitar arquivos complementares; caso contrário, use Fiji e Bio-Formats, pois um arquivo .oif independente pode não conter todos os dados de imagem.

Qualidade, compatibilidade e limitações

Verifique a largura, a altura, a profundidade de bits, a quantidade de canais, as fatias Z e os pontos no tempo do TIFF exportado em comparação com a origem. Alguns exportadores achatam os canais ou salvam apenas o plano atualmente exibido.

Use TIFF de 16 bits para dados de origem de 16 bits e evite converter para 8 bits, a menos que o aplicativo de destino exija isso; reduzir a profundidade de bits remove permanentemente níveis de intensidade. A compressão sem perdas preserva os valores dos pixels, enquanto a compressão JPEG pode introduzir artefatos.

O TIFF padrão tem limites práticos de tamanho em torno de 4 GB. Conjuntos de dados OIF grandes podem exigir suporte a BigTIFF ou OME-TIFF no aplicativo de destino. Configurações proprietárias de aquisição, dados de calibração do microscópio, anotações e alguns metadados da Olympus podem não sobreviver à conversão; portanto, mantenha o conjunto de dados OIF original para fins de arquivamento.