Conversor online gratuito de OIB para OME.TIFF

Os arquivos OIB frequentemente precisam ser convertidos quando softwares de microscopia, pipelines de análise de imagem ou repositórios exigem o formato mais interoperável OME-TIFF. OME-TIFF preserva dados de microscopia multidimensionais e metadados padronizados para uso em aplicações compatíveis.

O que é o formato OIB

OIB significa Olympus Image Binary, um contêiner proprietário usado por sistemas e softwares de geração de imagens da Olympus, como cellSens e fluxos de trabalho mais antigos do Fluoview. Ele pode conter uma ou mais séries de imagens com canais, z-stacks, pontos temporais, posições e metadados de aquisição.

Os arquivos OIB são normalmente encontrados após o recebimento de dados de um microscópio Olympus. Alguns conjuntos de dados também contêm um diretório OIF complementar ou arquivos relacionados; mantenha o conjunto de dados original completo até que a conversão tenha sido verificada.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF armazena dados de imagem TIFF junto com metadados OME-XML que descrevem dimensões, canais, tamanhos físicos de pixel, pontos temporais e outras propriedades de microscopia. Ele é compatível com aplicações e bibliotecas como Fiji, ImageJ, QuPath, napari, OMERO e Bio-Formats.

Use OME-TIFF quando uma aplicação de destino exigir um formato aberto de microscopia, quando os dados precisarem ser depositados em um repositório de imagens ou quando um fluxo de processamento precisar de metadados padronizados. Ele não é automaticamente menor que OIB; a compressão e o tipo de pixel determinam o tamanho resultante.

Como converter OIB para OME-TIFF

Usando as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats

Bio-Formats é a opção mais direta para preservar as dimensões do OIB e os metadados de microscopia. Instale as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats e execute:

bfconvert -overwrite input.oib output.ome.tiff

Substitua input.oib pelo nome do arquivo de origem e output.ome.tiff pelo nome do arquivo de destino. A extensão .ome.tiff seleciona a saída OME-TIFF.

Para um conjunto de dados grande, solicite a saída BigTIFF:

bfconvert -overwrite -bigtiff input.oib output.ome.tiff

Para converter apenas uma série de um arquivo OIB com várias séries, especifique seu índice baseado em zero:

bfconvert -overwrite -series 0 input.oib series-0.ome.tiff

Verifique o log do Bio-Formats ou abra o resultado no Fiji para confirmar se as séries, os canais, as fatias z e os pontos temporais esperados foram exportados. Se a entrada contiver várias séries, converta cada série necessária separadamente quando a aplicação de destino não lidar de forma confiável com arquivos OME-TIFF com várias séries.

Usando o Fiji

No Fiji, abra o arquivo por meio de File → Import → Bio-Formats, selecione a série e as configurações de dimensão necessárias e, em seguida, exporte usando o exportador do Bio-Formats ou salve usando uma opção compatível com OME-TIFF. Evite abrir o arquivo como uma imagem 2D simples se as dimensões z, de canal ou de tempo precisarem ser mantidas.

Convertendo online

Você também pode usar o conversor gratuito em 101convert.com sem instalar software. Faça upload do arquivo OIB, escolha OME.TIFF como formato de saída, inicie a conversão e baixe o resultado após o processamento.

Qualidade, compatibilidade e limitações

Mantenha o OIB original, pois alguns detalhes de aquisição específicos da Olympus, anotações, objetivas ou configurações proprietárias podem não ter equivalentes diretos em OME-XML. Em geral, o Bio-Formats transfere dimensões e metadados padrão, mas a conversão não pode garantir a preservação de todos os campos específicos do fornecedor.

Verifique na saída a ordem dos canais, o espaçamento z, os intervalos de tempo, a calibração dos pixels, a profundidade de bits e a orientação da imagem. Não selecione a conversão para 8 bits, a menos que o fluxo de trabalho de destino exija isso; reduzir uma imagem de 12 bits, 16 bits ou ponto flutuante pode descartar informações de intensidade. A compressão sem perdas é preferível para análises quantitativas, enquanto a compressão JPEG com perdas deve ser evitada.

Arquivos OME-TIFF muito grandes podem exigir suporte a BigTIFF no visualizador. Alguns programas são compatíveis apenas com OME-TIFF de uma única série ou de um único arquivo, portanto, um OIB com várias séries pode exigir saídas separadas.