Conversor online gratuito de ZVI para OME.TIFF

O que é o formato ZVI

ZVI (Zeiss Vision Image) é um formato proprietário de microscopia usado por softwares de aquisição antigos da Carl Zeiss, especialmente AxioVision e sistemas relacionados. Um arquivo ZVI pode conter planos de imagem, pontos temporais, canais, seções focais, várias séries e metadados de aquisição em um único arquivo.

Normalmente, você encontra arquivos ZVI ao receber dados de microscópios Zeiss antigos ou de laboratórios que usavam AxioVision. O formato é menos portátil que TIFF porque o suporte depende de leitores especializados, como Bio-Formats.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF combina dados de imagem TIFF com metadados OME-XML que descrevem dimensões como canais, seções Z, pontos temporais, tamanhos de pixel e séries de imagens. Ele foi projetado para imagens científicas, e não para fotografias comuns e planas.

OME-TIFF é compatível com Fiji, ImageJ com Bio-Formats, QuPath, napari por meio de leitores compatíveis e muitos sistemas de gerenciamento de dados de pesquisa. É uma opção adequada quando o arquivo convertido precisa manter as dimensões e os metadados da microscopia, em vez de se tornar uma única imagem achatada.

Como converter efetivamente ZVI para OME-TIFF

Usando Fiji

1. Instale Fiji, que inclui o importador e o exportador Bio-Formats.
2. Abra o arquivo por meio de File → Open ou Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer e selecione sample.zvi.
3. Na caixa de diálogo Bio-Formats Import Options, mantenha Display metadata ativado se precisar inspecionar a origem e escolha a série necessária. Use as opções de View stack with que preservem todas as dimensões Z, de canais e de tempo.
4. Exporte a imagem aberta por meio de Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Escolha sample.ome.tiff como nome do arquivo de saída, selecione OME-TIFF se uma opção de formato for exibida e escolha uma compressão sem perdas, como LZW, quando disponível.

Se o Fiji abrir várias séries, exporte cada série necessária separadamente quando o aplicativo de destino não puder lidar com arquivos OME-TIFF com várias séries. Mantenha o arquivo ZVI original como cópia de preservação.

Usando a linha de comando do Bio-Formats

A ferramenta de linha de comando do Bio-Formats bfconvert pode realizar uma conversão direta:

bfconvert -compression LZW input.zvi output.ome.tiff

Use a versão do Bio-Formats fornecida com a versão atual do Fiji ou com a distribuição do Bio-Formats. Para arquivos que contêm várias séries, inspecione primeiro a entrada e converta uma série específica quando necessário, usando a opção de série apropriada à versão. A extensão de saída .ome.tiff solicita uma saída OME-TIFF.

Usando o conversor online

Você também pode converter o arquivo gratuitamente em 101convert.com sem instalar software. Essa opção é conveniente para um arquivo pequeno e não confidencial; não envie dados de microscopia de pacientes, proprietários ou regulamentados, a menos que o serviço atenda aos requisitos de segurança da sua organização.

Qualidade, compatibilidade e limitações

O Bio-Formats geralmente transfere os dados de pixel e os metadados dimensionais padrão, mas algumas configurações de aquisição específicas da Zeiss, anotações proprietárias, predefinições de exibição e metadados do instrumento podem não ser totalmente mapeados para OME-XML. Compare a quantidade de canais, a profundidade Z, os pontos temporais, as dimensões dos pixels e os tamanhos físicos dos pixels após a conversão.

Use LZW sem perdas ou uma saída não compactada quando os valores numéricos dos pixels precisarem permanecer inalterados. Evite a compressão JPEG para microscopia quantitativa, pois ela altera os valores dos pixels. OME-TIFF pode ser maior que o arquivo ZVI original, especialmente com dados não compactados.

Conjuntos de dados muito grandes podem exceder os limites do TIFF clássico. Use BigTIFF quando o exportador oferecer essa opção e o aplicativo de destino for compatível com ela. Confirme se o software de destino reconhece o OME-XML gerado e todas as séries pretendidas antes de excluir ou arquivar a origem.