Conversor online gratuito de NDPI para OME.TIFF

O que é o formato NDPI

NDPI é o formato proprietário de imagem de lâmina inteira da Hamamatsu. Os scanners Hamamatsu NanoZoomer criam arquivos NDPI ao digitalizar lâminas de patologia, geralmente acompanhados de arquivos de índice ou de metadados associados. Você pode encontrá-los no Hamamatsu NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji e em outros aplicativos que usam leitores Bio-Formats ou OpenSlide.

Um arquivo NDPI pode conter uma imagem muito grande em resolução total, níveis de visualização com redução de resolução, várias séries de imagens e, às vezes, vários planos focais. Seus metadados internos e sua estrutura de pirâmide são específicos do fornecedor, portanto, programas TIFF de uso geral podem não abri-lo corretamente.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF é um formato baseado em TIFF definido pelo Open Microscopy Environment. Ele armazena dados de imagem em diretórios TIFF e descreve dimensões, canais, tamanhos de pixel, planos e informações relacionadas em metadados OME-XML.

Para imagens de lâmina inteira, OME-TIFF pode conter níveis de resolução lado a lado e em pirâmide. Isso permite que visualizadores compatíveis exibam primeiro uma visão geral pequena e carreguem apenas os tiles de alta resolução necessários para a navegação. O formato é compatível com Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari com plugins adequados e muitos fluxos de trabalho de microscopia.

OME-TIFF é útil quando o software precisa de um formato documentado e interoperável, em vez de um arquivo específico do scanner. Ele não torna automaticamente uma imagem menor; o tamanho da saída depende dos dados de origem, das configurações de tiles, dos níveis da pirâmide e da compressão.

Como converter NDPI para OME-TIFF

Usando Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats é a opção de linha de comando para desktop mais prática para preservar metadados de microscopia e processar imagens muito grandes. Instale o pacote Bio-Formats do Open Microscopy Environment e execute bfconvert em um terminal.

1. Coloque o arquivo NDPI em uma pasta com espaço livre suficiente para a saída. Um OME-TIFF de lâmina inteira pode ter vários gigabytes.
2. Converta a série de imagens selecionada com saída TIFF lado a lado e sem perdas:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff é adequado para arquivos que podem exceder o limite de aproximadamente 4 GB do TIFF clássico. LZW não tem perdas; use JPEG somente quando um arquivo menor for mais importante do que preservar cada pixel de origem.

Se o NDPI contiver várias séries, examine a lista de séries do Bio-Formats e converta a necessária com uma opção de série, como:

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Para obter uma saída de lâmina inteira em pirâmide, use uma versão atual do Bio-Formats compatível com a gravação de pirâmides:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Isso cria cinco níveis de resolução, com uma redução de duas vezes entre os níveis. Ajuste o número de níveis e a escala ao visualizador de destino; lâminas muito grandes geralmente se beneficiam de pirâmides lado a lado. Execute bfconvert sem argumentos ou consulte a ajuda da versão instalada, pois as opções de pirâmide disponíveis variam entre as versões do Bio-Formats.

Usando 101convert.com

Você também pode converter o arquivo gratuitamente no site 101convert.com, sem instalar software. Envie o NDPI, escolha OME-TIFF como formato de saída, inicie a conversão e baixe o resultado. Para lâminas clínicas ou de pesquisas não publicadas, verifique os termos de tratamento e retenção do serviço antes de fazer o upload; para arquivos de lâmina inteira grandes, o método para desktop geralmente é mais prático.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• A conversão não pode recuperar detalhes perdidos quando o scanner armazenou a origem usando compressão JPEG. Selecionar LZW preserva os pixels fornecidos pelo leitor NDPI, mas não restaura informações descartadas.
• O Bio-Formats transfere os metadados que consegue interpretar, incluindo muitas dimensões e tamanhos físicos de pixel, mas campos proprietários do scanner, anotações, dados de código de barras e regiões específicas do aplicativo podem não ser totalmente mapeados para OME-XML.
• Verifique a saída em um visualizador de lâminas inteiras, como QuPath ou Fiji com Bio-Formats. Confirme se a visão geral, a visualização em resolução total, a orientação, as dimensões dos pixels e a escala física estão corretas.
• Um OME-TIFF simples sem pirâmide pode abrir em softwares de microscopia, mas funcionar mal em visualizadores de lâminas inteiras. Se a navegação estiver lenta ou o aplicativo informar que faltam níveis de resolução, gere novamente um arquivo lado a lado e em pirâmide.
• Mantenha o NDPI original como fonte de arquivamento. O OME-TIFF é uma cópia para interoperabilidade e pode omitir metadados específicos do scanner ou séries NDPI adicionais.