Conversor online gratuito de LIF para OME.TIFF

O software e os instrumentos de microscopia Leica geralmente salvam aquisições de imagens multidimensionais como LIF, enquanto muitas ferramentas de análise, arquivamento e interoperabilidade esperam OME-TIFF. A conversão do arquivo preserva os planos de imagem e, quando compatível com o importer, os metadata de microscopia em um formato baseado em TIFF amplamente legível.

O que é o formato LIF

LIF é o container proprietário da Leica Microsystems para aquisições de fluorescência, confocal e outros tipos de microscopia. Um único arquivo pode conter várias séries de imagens, canais, z-stacks, pontos temporais, cenas e metadata de aquisição. Leica LAS X e versões anteriores do software de imagem da Leica criam arquivos LIF, por isso eles são comuns quando os dados são exportados diretamente de microscópios Leica.

Como LIF é proprietário e pode conter várias séries independentes, visualizadores de imagens comuns geralmente exibem apenas parte dos dados ou não conseguem abri-lo.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF armazena dados de imagem TIFF juntamente com metadata OME-XML que descrevem dimensões como tamanho, canais, profundidade z, pontos temporais, tipo de pixel e calibração física. Ele é compatível com Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath e outros softwares de imagem científica.

Use OME-TIFF quando o aplicativo de destino precisar de um formato de microscopia aberto e documentado ou quando o dataset precisar manter sua estrutura multidimensional, em vez de ser reduzido a um JPEG simples ou a um TIFF comum. Datasets grandes podem ser gravados como BigTIFF ou como uma sequência OME-TIFF de vários arquivos.

Como converter LIF para OME-TIFF

Usando Fiji e Bio-Formats

1. Instale o Fiji, que inclui o reader e o writer do Bio-Formats.
2. Abra o arquivo com File → Open e selecione sample.lif. Na caixa de diálogo Bio-Formats Import Options, escolha a série necessária. Ative Use virtual stack para datasets grandes demais para serem carregados na memória.
3. Para uma única série selecionada, use Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
4. Defina o nome do arquivo de saída como sample.ome.tiff, escolha uma compressão sem perdas, como LZW, ou nenhuma compressão, e salve.
5. Repita a exportação para cada série LIF se o arquivo contiver várias cenas ou aquisições. Verifique o arquivo exportado reabrindo-o com Bio-Formats e confirmando os canais, z-slices, pontos temporais e a calibração dos pixels.

Usando as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats

Instale as ferramentas de linha de comando do Bio-Formats e execute:

bfconvert input.lif output.ome.tiff

Para converter uma série de um LIF com várias séries, especifique o índice baseado em zero da série:

bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff

Para usar compressão LZW sem perdas, execute:

bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff

Verifique o OME-XML e as dimensões geradas com showinf output.ome.tiff, outro utilitário de linha de comando do Bio-Formats. Para uma conversão ocasional sem instalar software, use o conversor gratuito em 101convert.com.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• Escolha compressão sem perdas ou nenhuma compressão para microscopia quantitativa; a compressão JPEG pode alterar os valores de intensidade e introduzir artefatos.
• Um LIF pode conter várias séries com dimensões diferentes. Exportar apenas a série atualmente selecionada não converte as outras séries.
• O suporte a metadata OME-TIFF depende do reader. Verifique os nomes dos canais, as atribuições de cores, o tamanho físico dos pixels, o espaçamento z, os intervalos de tempo e as datas de aquisição após a conversão.
• Arquivos muito grandes podem exceder os limites do TIFF clássico. Use BigTIFF ou uma opção OME-TIFF de vários arquivos quando o exporter oferecer essa opção e confirme se o aplicativo de destino é compatível com essa variante.
• Não use a exportação de imagens comum se for necessário preservar z-stacks, séries temporais, canais ou metadata de microscopia; use a importação e a exportação do Bio-Formats.