Converter SDF para XLS

Os laboratórios frequentemente precisam de registros de compostos em .xls porque um LIMS legado, um template de relatório ou um cliente aceita apenas workbooks do Excel 97–2003. O resultado útil geralmente é uma planilha de propriedades e identificadores SDF, não uma substituição quimicamente editável do arquivo de origem.

O que um arquivo SDF pode conter

.sdf é ambíguo. Mais comumente, significa Structure Data File, um formato químico baseado em MDL Molfile usado por químicos, fornecedores de compostos, bancos de dados de triagem, ChemDraw, software BIOVIA, ferramentas ChemAxon, DataWarrior, Open Babel e workflows RDKit.

Um SDF químico é texto simples contendo um ou mais registros de moléculas. Cada registro pode conter uma tabela de conectividade molecular, coordenadas, um título e SD tags nomeadas, como CAS_NUMBER, IC50 ou Supplier; os registros normalmente terminam com $$$$. Os blocos de moléculas podem usar a sintaxe V2000 ou V3000.

Um arquivo .sdf também pode ser um banco de dados binário do Microsoft SQL Server Compact. SQL Server Compact não é SQL Server, e seu arquivo de banco de dados deve ser consultado e exportado com software compatível com SQL Server Compact, em vez de ser aberto por ferramentas de formatos químicos.

O que o formato XLS oferece

.xls é o formato binário de workbook do Excel 97–2003. Diferentemente de CSV, ele pode manter worksheets, fórmulas básicas, formatação de células e várias tabelas, o que é útil quando o destinatário exige um workbook antigo do Excel.

Use XLS somente quando necessário. Ele é limitado a 65.536 linhas e 256 colunas por worksheet. .xlsx oferece suporte a worksheets muito maiores e é a opção padrão mais adequada para sistemas atuais compatíveis com Excel.

Convertendo um arquivo SDF químico

1. Abra o SDF em um aplicativo desktop com suporte a química, como o DataWarrior. Use File → Open e verifique se o aplicativo reconhece os registros de moléculas e expõe as SD tags como colunas de dados.
2. Verifique os nomes dos campos, valores ausentes, unidades e valores de tags multilinha. Preserve um identificador de estrutura e, quando o destinatário precisar de estruturas legíveis por máquina, adicione uma coluna SMILES ou InChI antes da exportação.
3. Exporte a tabela como texto delimitado por tabulações ou CSV usando File → Save As ou o comando de exportação do DataWarrior. Não dependa de um conversor genérico de documentos para interpretar registros moleculares e SD tags.
4. Abra o arquivo de texto no Microsoft Excel ou no LibreOffice Calc. Na caixa de diálogo de importação, selecione o delimitador correto e defina explicitamente números CAS, números de catálogo, códigos com zeros à esquerda e identificadores numéricos longos como Text.
5. Use File → Save As e selecione Excel 97–2003 (.xls). Verifique o aviso de compatibilidade, as dimensões da worksheet e uma amostra dos valores importados antes de distribuir o workbook.

Para processamento repetível, use RDKit ou outro chemistry toolkit para extrair SD tags selecionadas e gerar um CSV com uma coluna SMILES; em seguida, converta esse CSV no Excel ou no LibreOffice. Open Babel também pode inspecionar e transformar arquivos SDF, mas valide as colunas geradas em relação à origem, pois as propriedades e a saída de descritores disponíveis dependem do formato e das opções selecionados.

Para arquivos CSV não confidenciais e já tabulares, CloudConvert pode ser usado para criar um workbook XLS após a extração local do SDF. Ele não deve ser tratado como um parser de SDF com suporte a química, e estruturas proprietárias, dados de ensaios e dados de fornecedores não devem ser carregados, a menos que a organização permita essa transferência.

Exportando um banco de dados SDF do SQL Server Compact

Abra um SDF de banco de dados com o SQL Server Compact Toolbox ou outra ferramenta que use um provider compatível com SQL Server Compact. Informe a senha do banco de dados se o arquivo estiver criptografado, execute uma query para as tabelas e colunas necessárias e exporte o resultado como CSV. Importe esse CSV no Excel ou no LibreOffice Calc e salve-o como .xls.

SQL Server Compact é um produto descontinuado da Microsoft, portanto um aplicativo de banco de dados atual pode não abrir o arquivo sem o provider legado apropriado. Um SDF de banco de dados não pode ser convertido corretamente pelo DataWarrior, RDKit ou Open Babel.

Verificações de compatibilidade

XLS não armazena nativamente uma tabela de conectividade SDF editável. Mantenha o SDF original para intercâmbio químico e arquivamento; coloque SMILES, InChI ou texto de molfile nas células da planilha somente quando o software downstream precisar de uma estrutura legível por máquina. Imagens renderizadas de estruturas são adequadas para revisão, mas não são dados químicos.

O Excel pode alterar automaticamente valores semelhantes a datas ou notação científica. As configurações de importação de texto evitam perdas como 001234 tornar-se 1234 e identificadores numéricos longos serem arredondados. Verifique também SD tags multilinha e textos que excedam o limite de 32.767 caracteres por célula do Excel, o que pode exigir truncamento, divisão ou retenção no SDF original.