Conversor online gratuito de SVS para OME.TIFF

Os arquivos SVS de scanners whole-slide da Aperio podem não abrir em softwares que esperam o modelo de dados OME. Convertê-los para OME-TIFF facilita o processamento da lâmina no Fiji, QuPath, OMERO e em outros sistemas de microscopia, mantendo os dados de imagem tiled e multirresolução quando houver suporte.

O que é o formato SVS

SVS é a variante da Aperio de TIFF tiled e piramidal usada para lâminas de patologia digital. Os scanners da Aperio e da Leica Biosystems criam arquivos SVS que contêm uma imagem de tecido em alta resolução, além de níveis de pirâmide em resolução reduzida; um arquivo também pode conter imagens de label, macro, thumbnail ou outras imagens associadas como séries TIFF separadas.

É comum encontrar arquivos SVS em sistemas Aperio ScanScope, scanners Leica eSlide, Aperio ImageScope e sistemas de arquivamento de patologia. Embora o SVS seja baseado em TIFF, seus metadados específicos do fornecedor e sua organização de imagens não são tratados de forma consistente por aplicações TIFF de uso geral.

O que é o formato OME-TIFF

OME-TIFF armazena dados de imagem TIFF junto com metadados OME-XML que descrevem dimensões, canais, tamanhos físicos de pixels, planos e informações relacionadas à imagem. Ele foi projetado para interoperabilidade com aplicações compatíveis com Bio-Formats, como Fiji, QuPath, OMERO e muitos pipelines de análise de microscopia.

Para whole-slide imaging, um OME-TIFF pode conter níveis de pirâmide tiled, permitindo que o software exiba uma lâmina grande sem carregar o plano em resolução máxima na memória. O OME-TIFF é útil quando uma aplicação de patologia ou microscopia reconhece metadados OME, mas não interpreta de forma confiável os metadados específicos do Aperio SVS.

Como converter SVS para OME-TIFF

Usando ferramentas de linha de comando do Bio-Formats

O bfconvert do Bio-Formats é a opção de uso geral mais direta, pois lê SVS por meio do leitor do Bio-Formats e grava OME-TIFF. Instale o pacote de ferramentas do Bio-Formats e execute:

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Substitua input.svs pelo nome do arquivo de origem e output.ome.tiff pelo nome do arquivo de destino. LZW é sem perdas e evita a adição de artefatos JPEG. Para obter uma saída tiled e multirresolução, use as opções de pirâmide compatíveis com a versão instalada do Bio-Formats:

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex e -tiley definem as dimensões dos tiles. -pyramid-resolutions 5 solicita cinco níveis de resolução, e -pyramid-scale 2 faz com que cada nível tenha metade da largura e da altura do nível anterior. Execute bfconvert -help para confirmar os nomes das opções, pois as versões do Bio-Formats podem ser diferentes.

Usando o Fiji

No Fiji, instale ou atualize o Bio-Formats, abra o arquivo por meio de File → Open, selecione o arquivo SVS e permita que o Bio-Formats Importer abra a série. Para lâminas muito grandes, escolha a série desejada em resolução máxima em vez da série de label ou macro. Exporte usando o comando de exportação do Bio-Formats ou TIFF disponível na sua instalação do Fiji, selecione OME-TIFF se essa opção for oferecida e ative a saída tiled ou piramidal quando o exportador disponibilizar essas opções.

O Fiji pode exigir uma quantidade considerável de memória ao abrir ou exportar uma lâmina inteira. A conversão pela linha de comando do Bio-Formats geralmente é preferível para arquivos SVS muito grandes, pois evita carregar a imagem completa na exibição do Fiji.

Convertendo sem software instalado

Você pode converter o arquivo gratuitamente no 101convert.com sem instalar software. Faça upload do arquivo SVS, escolha OME.TIFF como formato de saída, inicie a conversão e baixe o resultado. Não use este método para lâminas que contenham informações capazes de identificar pacientes, a menos que o serviço e seus termos de tratamento de dados atendam aos requisitos da sua organização.

Qualidade, compatibilidade e limitações

• A conversão não pode restaurar detalhes perdidos na compressão original do SVS. Se a origem usar tiles comprimidos com JPEG, exportar com LZW evita uma nova compressão com perdas, mas não torna a origem sem perdas.
• Os metadados SVS não são mapeados perfeitamente para OME-XML. Campos específicos do scanner, anotações, informações de foco, imagens macro e tags proprietárias podem ser omitidos ou representados de forma diferente.
• Verifique se a saída contém a imagem do tecido, os níveis de pirâmide e todas as séries de label ou macro necessárias. Algumas aplicações selecionam automaticamente a primeira série e podem exibir uma imagem associada em vez da lâmina principal.
• Os arquivos OME-TIFF podem ser muito grandes. Certifique-se de que o filesystem de destino ofereça suporte a arquivos grandes e tenha espaço livre para a imagem em resolução máxima e os níveis de pirâmide; BigTIFF pode ser necessário para saídas que excedam o limite de tamanho do TIFF clássico.
• Verifique o resultado na aplicação que o utilizará. Inspecione as dimensões dos pixels, a resolução física, a quantidade de canais, a orientação da lâmina, a navegação pela pirâmide e todas as anotações necessárias antes de excluir o original SVS.